John W. Boyer war von 1992 bis Juni 2023 Dekan des Colleges. Während seiner 31-jährigen Amtszeit erweiterte Boyer den Lehrplan des Colleges um viele neue Kernkurse und neue Programme für fortgeschrittene Studien, stärkte das Zulassungsprogramm des Colleges und gründete die Society of Fellows in the Liberal Arts. Boyer war auch maßgeblich an der Gründung des University of Chicago Center in Paris beteiligt.
Boyer ist ein führender Wissenschaftler des modernen Europas, insbesondere der Staaten, Völker und Gesellschaften Mitteleuropas seit 1700. Seine besonderen Lehrinteressen sind die deutsche Geschichte von 1740 bis 1918, die Geschichte des Habsburgerreiches von 1648 bis 1918 und die Geschichte Österreichs von 1918 bis heute, Religion und Politik in der modernen europäischen Geschichte und die Geschichte der europäischen Universitäten im 19. und 20. Jeden Herbst begleitet er Studierendengruppen nach Wien, wo sie einen Monat lang die Geschichte der Region erforschen. Der Direktor des Wien Museums, Matti Bunzl, war einer seiner Studenten.
Er ist der Autor des viel beachteten Buches Austria, 1867-1955, das 2023 bei Oxford University Press erschienen ist.
