Die Terrassenlandschaft, auf der sich heute die Wiener Innenstadt befindet, bot im 1. Jahrhundert topografisch besonders gute Voraussetzungen für die Anlage eines Militärstützpunktes an der Nordgrenze des Römischen Reiches. Die nahe Donau bot als natürliche Barriere Schutz und diente zugleich als wichtiger Handelsweg.
Schon seit dem 16. Jahrhundert hatte es in Wien immer wieder bedeutende archäologische Bodenfunde aus römischer Zeit gegeben. Doch erst die massiven Baugruben, die im Zuge der Umgestaltung der Stadt im späten 19. Jahrhundert angelegt wurden, brachten Gewissheit über die Position des einstigen Legionslagers Vindobona und seiner zivilen Siedlungsbereiche.
Im Rahmen erster stadtarchäologischer Baubeobachtungen wurden damals große Mengen an Bodenfunden geborgen. Sie wurden im „Museum Vindobonense“, dem ersten archäologischen Museum Wiens, zusammengeführt. Nach dessen Zerstörung im Jahr 1945 wurde die Sammlung vom Historischen Museum der Stadt Wien, dem heutigen Wien Museum, übernommen.
Seit dieser Zeit ist die Sammlung durch zahlreiche archäologische Ausgrabungen im Zuge von Bauvorhaben in der Stadt auf rund 100.000 Objekte angewachsen. In Zusammenarbeit mit der Stadtarchäologie Wien konnten römische Siedlungszentren und Werkstättenbereiche identifiziert und wichtige Infrastruktur wie Wasserleitungen oder Straßensysteme erforscht werden.
